Društvom upravlja Osnivač, Skupština Glavnog grada, na način i pod uslovima utvrđenim Odlukom o osnivanju i Statutom „Deponija“ d.o.o. Podgorica.

Organi Društva su Odbor direktora i Izvršni direktor. Odbor direktora je organ upravljanja Društva, dok je Izvršni direktor organ rukovođenja Društva.

Izvršni direktor Društva je dipl.ecc Arsenije Boljević.

Odbor direktora „Deponija“ d.o.o. čine:

  • Milanka Otović – Predsjednik
  • Anton Koljčević – Član
  • Nikolina Mirotić – Član
  • Jovan Đurišić – Član
  • Lazar Martinović – Član

Osnovni oblici organizovanja Društva, shodno Statutu Društva, su Sektori i to:

  • Sektor za tehničko operativne poslove
  • Sektor za ekonomsko pravne poslove

Sektor za tehničko operativne poslove obavlja tehničke, operativne i druge poslove u okviru koga su organizovane radne jedinice i služba i to:

  • RJ „Održavanje deponije“
  • RJ „Reciklaža sekundarnih sirovina“
  • Služba za tehničku pripremu, programiranje i razvoj

U sektoru za ekonomsko pravne poslove obavljaju se ekonomski, pravni i drugi zajednički poslovi, a Sektor je organizovan kao:

  • Služba za ekonomsko – finansijske poslove i marketing
  • Služba za pravne i opšte poslove
  • Služba za poslove obezbjeđenja